Думаю тут только свою процедуру вывода сообщений прийдется написать, например СообщитьWEB(строка).
И в документе требование накладная везде заменить стандартную "Сообщить" на твою "СообщитьWEB".
А в функции СообщитьWEB сделать стандартный вывод в окно сообщений, для тех кто в 1С работает и
дублировать все сообщения в строковую глобальную переменную которую потом передашь из 1С в WEB.
Например:
Функция 1с которая запускается через WEB
СообщенияWEB=""; //Обнуляем глобальную переменную
выполняем какие-то действия с 1С и там где есть наша процедура СообщитьWEB(строка), она
будет пополнять переменную "СообщенияWEB" сообщениями.
Возврат СообщенияWEB;
КонецФункции
а уже в ASP.NET запускаешь функцию "1с которая запускается через WEB", если пустая строка возвратилась
то все ОК, если не пустая, выводишь все сообщения которые в ней есть. И сам уже сможешь контролировать,
какие сообщения выводить в WEB, а какие нет.
А стандартную комманду "Сообщить" переопределить никак не получится.